Náboženské války jsou sérií konfliktů mezi katolíky a protestanty, ve Francii nazývanými Hugenoty.
V reakci na reformaci církve a vznik protestantství, Hugenoti požadují právo svobodně praktikovat jejich vyznání. Protože teoretikové reforem, Jan Kalvín a Martin Luther, přesvědčili velkou část francouzské šlechty, král pociťuje rozmach protestantismu jako jako hrozbu pro jednotu státu. Navíc je královská moc oslabena, protože král umírá, když jeho syn je ještě příliš mladý, aby vládl. Vládne za něj tedy jeho matka, Kateřina Medicejská.
Války začnou v roce 1562, když vévoda z Guise dá zmasakrovat několik desítek protestantů shromážděných ve stodole u Wassay.
Bartolomějská noc je masakr protestantů rozpoutaný v Paříži 24 srpna 1572. V následujících týdnech se rozšířil do více než dvacítky měst na venkově.
Konflikt začal, když Kateřina Medicejská přesvědčí Karla IX. aby nechal popravit protestantskou šlechtu, která se shromáždila v Paříži, aby se zúčastnili svatby Jindřicha Navarrského a Markéty z Valois, královy sestry.
Admirál Coligny, Hugenot, který předtím v královské radě navrhoval zasáhnout v Holandsku (protestantská země kolonizovaná Španělskem), které se vzbouřilo proti Španělsku (katolická země), je zavražděn.
Také lid přispěje ke konfliktu, když začne zabíjet protestanty v ulicích.
Přibližně 200 šlechticů a 2700 obyčejných lidí je zavražděno. Jindřich Navarrský je ušetřen, protože se zřekl své víry.
Po Bartolomějské noci se protestanti seskupí okolo Jindřicha Navarrského a vytvoří Jednotu kalvinistů.
V roce 1574 Karel IV umírá a jeho bratr Jindřich III nastoupí na trůn po něm. Protestanté si novou válkou vymohou Edikt z Beaulieu, který jim zajistí svobodu vyznání.
Podle katolíků je však král vůči protestantismu příliš měkký a tak se zorganizují v katolickou svatou ligu v čele s Jindřichem z Guise.
Protože Jindřich III nemá děti, Jindřich Navarrský se stává jeho legitimním nástupcem. Představa, že by protestant seděl na francouzském trůně vede Jindřicha z Guise k žádosti o finanční pomoc španělského krále, aby mohl ve Francii zničit protestanty. Spolu s katolickou svatou ligou se pokusí sesadit z trůnu Jindřicha III.
Jindřich III se tedy spojí s Jindřichem Navarrským. V roce 1588 během shromáždění generálních stavů v Blois, Jindřich III nechá zavraždit Jindřicha z Guise.
Sám Jindřich III je krátce poté zabit pobodáním dýkou. Vrahem byl dominikánský kněz, Jacques Clément.
Jindřich IV musí pět let bojovat s katolickou svatou ligou, aby získal zpět vlastní království. Když zjistí, že pouze náboženské vyznání brání jeho nástupu na trůn, znovu se zřekne protestantismu. Je pomazaný na krále v roce 1594 v Chartres.
V roce 1598 Jindřich IV podepíše edikt nantský. Tento edikt garantuje stejná práva pro protestanty, jako pro katolíky. Zřídí přibližně 150 útočišť - opevněných míst - pro protestanty.
Vláda Jindřicha IV je obdobím ekonomického oživení Francie. Se svým ministrem Sulllym provádí merkantilismus, ekonomickou teorii, podle které je potřeba do zahraničí prodávat víc, než z něj nakupovat, aby vykázali kladné saldo zlata nebo stříbra.